Наруто вернулся, с тренировок с Фукасаку-самой, который в свою очередь обучил Узумаки режиму саннина. Тем временем миссия Саске по захвату восьмихвостого провалилась, но Учиха всё ещё должен организовать поимку хвостатого для Мадары, поэтому он и его команда всё ещё остаются в Акацуки. По приказу Тоби, Пейн оживляет всех умерших членов организации с помощью секретной запрещённой техники. Но не всё оказалось так просто, как выглядело на первый взгляд. Не каждый был в восторге от того, что Пейн больше не является их законным лидером, и это почётное место по праву перешло к Мадаре. Больше всего, как ни странно, был расстроен Дейдара. Ведь блондин больше не мог звать его Тоби и применять на нём свои техники великого удушения ногами. Видимо, во время использования секретного дзюцу Пейна что-то пошло не так. Результатом этой ошибки стало поведение Учиха Итачи. Тот в свою очередь покинул организацию для того, чтобы полностью посвятить себя некой личной цели, о которой никто кроме него самого ничего не знал.
Райкаге доложили о том, что Акацуки вновь в полном составе. Узнав об этом, он пришёл в бешенство и в особо срочном порядке созвал совет Пяти Каге. Представителем Конохи, безусловно, должна была стать Цунаде, но по стечению обстоятельств она оказывается в госпитале в критическом состоянии. Позже выясняется, что ее отравили. К власти приходит никто иной, как Данзо. Первым его распоряжением был приказ об убийстве Учиха Саске. Харуно Сакура не могла позволить убийство человека, с которым она и Наруто столько пережили вместе. Девушка в компании Узумаки покидает деревню с целью найти Саске раньше шиноби, посланных Данзо. Тем временем, Хатаке Какаши тоже уходит из Конохи под предлогом изучения новой техники, которая требует максимальной концентрации в полном одиночестве. На самом деле, у Какаши совершенно иные интересы. Он отправился на поиски сильных шиноби, чтобы раз и навсегда расправиться с Акацуки. Пейн получил задание убить Наруто, остальные же члены организации должны найти и уничтожить пять каге. Саске озадачен поимкой восьмихвостого.
Смогут ли новые шиноби вмешаться и изменить судьбу всех пяти стран? Или же им суждено просто стать частью одной из множества сюжетных линий? Кто положит конец нескончаемым битвам, и чья кровь прольётся последней